אמנם חומר מסורתי ולעתים בר-קיימא המשמש לעיתים קרובות במגוון רחב של יישומים, אך לעץ יש חסרונות רבים הניתנים להקל על ידי בחירת חומרים אחרים. עץ הוא חומר מבוסס צמח, כלומר הוא רגיש מאוד לתנאי הסביבה ומזיקי עץ. בעץ מעובד יש חולשות ורגישויות מבניות שלא נמצאים בחומרים אחרים.
עץ המשמש ביישומים חיצוניים יכול לרוב לצבוע.מזיקים הורסי עצים
אחד החסרונות הגדולים ביותר בעץ הוא שמגוון מזיקים נמשך אל ויכול להשמיד עץ. טרמיטים, דבורי נגר, נמלים נגרות, חיפושיות אבקה ופטריות טורפות עצים - כל אלה מזיקים נפוצים להרס עצים. מזיקים אלה קשים לזיהוי, יקרים למיגור ויכולים לגרום לנזקים כמויות אדירות שנראות כמעט בלתי נראה עד שיהיה מאוחר מדי לתקן.
עמידות
סוגים מסוימים של עץ יחד עם סוגים שונים של טיפולי עץ שיפרו מאוד את העמידות הכללית של העץ, אך ישנם יישומים רבים שעבורם עץ אינו מתאים בגלל בעיות עמידות. במקרים בהם חומר צריך לעמוד בעומסי משקל גבוהים, פעמים רבות נפגעים, טמפרטורות גבוהות או נמוכות במיוחד, מתכות וחומרים סינטטיים משמשים לעתים קרובות במקום עץ. אפילו במקרה של יישומים מעץ מסורתי כמו גדרות, סוגיות העמידות הגבירו את השימוש בחלופות כמו פלסטיק, שיכולות להיווצר כדי להראות את העץ, אך יכולות להחזיק מעמד זמן רב יותר עם פחות תחזוקה.
לחות
תנאים לחים יכולים, לאורך זמן, אפילו לרכך את העץ המטופל כדי לעמוד בלחות, ולהפוך אותו לרגיש לרקבון ופטריות רטובים. בעיות כאלה יכולות להיות יקרות מאוד לטיפול, ולעיתים קרובות אמצעי המניעה הטוב ביותר הוא פשוט להשתמש בחומר שאין בו פגיעות זו. פלסטיקה וחומרים לא פורוסיים משמשים לעיתים קרובות ביישומים בהם לחות גבוהה היא שיקול.
עיוות
הגיל, הטמפרטורה והלחות הסביבתית הם כולם גורמים שיכולים לגרום לעיוות עץ. בהתאם לתנאים, עץ עלול להתעוות על ידי נפיחות, כיווץ או פיתול. משמעות הדבר היא כי ביישומים רבים לחישוב עדין - כמו בפתחים וסביב למסגרות חלונות - בחירת העץ עשויה להפחית את הפונקציונליות אם התנאים הסביבתיים אינם עומדים בדרישות הספציפיות.
שריפה
עץ, כמובן, יכול לבעור - מה שהופך אותו לחומר פחות אידיאלי לשימוש ביישומים בהם בטיחות האש מהווה דאגה. חמור מכך, סוגים מסוימים של עץ מטופל יכולים לפלוט כימיקלים רעילים כמו ארסן שעלולים להיות קטלניים בחללים סגורים.
