מספר סוגים של פטריות תוקפים באופן ספציפי את פרי הדר, כולל לימונים, אשכוליות ולימניות. פטריות אלה יכולות להזיק לתשואה של עץ הדר וכן להזיק לטעמו של הפרי. על מנת למנוע מהפטרת להרוס צמח פרי, יש להכיר את סוגי הפטריות השונות הניזונות ממנו.
פרי הדר מאופיינים בחומציות גבוהה.מלנוזה
מלנוז, סוג של פטריה, משפיע על פני פרי הדר מבלי לפגוע בבשר הפרי. למרות שמלנוזה מופיעה בדרך כלל כאוסף של כתמים חומים כהים עד שחורים, במקומות מסוימים, התבנית מופיעה כצבע לבנבן. ניתן להסיר מלנומה בציפורן; המלנוז אינו נמשך אל הפרי עצמו. הגנה על תרסיסי נחושת מטפלים ובקרות על מלנוז; הזמן לרסס את תרסיס הנחושת הוא ספציפי ותלוי בסוג הפירות עליהם המלנומה גדלה.
פניציליום
על פי נתוני אוניברסיטת גואלף, פניציליום גורמת לעובש לבן לצמוח על פני פרי. בסופו של דבר עובש לבן זה הופך לירוק (Penicillium digitatum) או כחול (Penicillium italicum). הטמפרטורות הקרירות, הלחות והסוכרים הטבעיים של הפרי משפיעים כולם על צמיחת הפניציליום. אתר ממשלת קולומביה הבריטית מציע סביבות חמות (להסרת טל) ושריפה או קבורה של כל הפירות שנפגעו בכדי להסיר את פניציליום.
פיטופתורה
על פי שירות ההרחבות החקלאיות בטקסס, פיטופתורה, המכונה גם ריקבון חום, תוקפת פירות בסביבות לחות גבוהות (כמו למשל בגשמים עזים). התקדמות הפטרייה מתחילה בנקודה לבנה ורכה המריחה חזק מתסיסה. בסופו של דבר, הפטרייה הלבנה תהפוך לחומה כהה ותהיה בתחושת עור. בגלל הלחות הדרושה לצמיחה, פירות נמוכים יותר על העץ מושכים את פיפתורה ביתר קלות. רוחות יכולות לשאת את התבנית לפרי גבוה יותר לאחר הזמן. תברואה, קירור וחיטוי נאותים במהלך הובלה מסירים את הפיתורה בצורה היעילה ביותר, על פי שירות ההרחבות החקלאיות בטקסס.
