למרות שאולי לא תחשוב על זה, לים העמוק יש מערכת אקולוגית משלו עם צמחים ובעלי חיים שונים. הצמחים ובעלי החיים החיים בסביבות הקרות הללו, לעומת זאת, דורשים התאמות מיוחדות. האור אינו חודר לחלוטין לקרקעית הים, אך צמחים אלה עדיין עוברים פוטוסינתזה. הם גם מייצרים חמצן. צמחי ים עמוקים מספקים מזון ומחסה לחיים הימיים החיים בעומקים אלה.
רק צמחים מסוימים מותאמים במיוחד לחיות בקרקעית הים.אצות
יערות אצות נמצאים באוקיינוסים ובימים ברחבי העולם, אפילו בחוגים האנטארקטיים והארקטיים. יערות אצות גדולות זקוקים לטמפרטורות שמתחת ל -68 מעלות פרנהייט בכדי לגדול, והן נמצאות עד לגובה של מטר וחצי מתחת לפני המים. עלי האצה או הלהבים רחבים, ארוכים וירוקים, ויש להם צומת בבסיסם המחבר את הלהבים לגבעול. צומת זה ידוע בשם שלפוחית השתן, והוא עוזר לשמור על הצמח לעמוד ישר במים. לקלף שורשים שנוברים בקרקעית הים הסלעית ומחזיקים את הצמח במקום.
פוסידוניה
צמח זה גדל בגושים גדולים על קרקעית הים ויוצר אחו וירטואלי בחול. הם גדלים עד לגובה של מטר וחצי מתחת לפני הים, והם מייצרים גם חמצן וגם ביומסה, שהוא סוג של חומר ביולוגי שנוצר מאורגניזמים חיים או מתים. עלי הפוסידוניה הם ירוקים, ארוכים, דקים ובלוניים, והצמח מייצר פרחים ופירות כאחד. הפרחים והפירות שניהם ירוקים, והפרי דומה לזית. צמח זה זקוק לכמות גבוהה של חדירת אור בכדי לשרוד, והוא יכול למות אם המים מעוננים מדי.
עשבוני ים
עשב ים הם סוג של צמח פורח עם שורשים, והם מתרבים באמצעות קני שורש, שהוא סוג של צומת צמחים שיורה שורשים ויורה. עשב הים נראה דומה לעשב רגיל, עם עלים ירוקים וארוכים כמו להב, פרט לכך שצמחים אלה משגשגים באדמה תת-קרקעית וסלעית או חולית. הפרח בצורת כוכב ונע בין לבן טהור לאדמדם. עשבוני ים הם מזון חשוב לחיים מתחת למים, ומיטות עשב הים משמשות כמשתלה.
אצות ים
אצות ים הן סוג של אצות ימיות עם גדילים ארוכים מאוד שעליהן דבקים מספר רב של עלים. אצות בדרך כלל בצבע ירוק בהיר, אך הצבע יכול לנוע בין חום לאדמדם. צמח זה יכול לחיות במים עמוקים מאוד, עד 688 רגל. הוא מבצע פוטוסינתזה באמצעות אור כחול, שהוא סוג של אור שמש. אצות מתרבה באמצעות שיבוט.
