נהר מיסיסיפי הוא ביתם של מגוון צמחים ובעלי חיים מימיים במערכת אקולוגית מורכבת, המחוברת זה לזה. צמחים מימיים מספקים מזון ומחסה למינים רבים ושונים בנהר ויכולים להיות קטנים כמו האצות החד-תאיות. נהר מיסיסיפי כולל מגוון של בעלי חיים, מחסרי חוליות אל דגים, צפרדעים ואחרים.
אצות יוצרים יריעות ירקרקות ויכולות להזהים מים.אצות
על פי מחלקת משאבי הטבע באיווה, מיסיסיפי משחקת מארח לשני סוגים עיקריים של אצות: ירוק וכחול-ירוק. אצות ירוקות הן המרכיב הביולוגי הבסיסי בכל מערכת אקולוגית בריאה; הם יוצרים מושבות גדולות שיכולות לתת למים גבס ירקרק. אצות כחולות-ירוקות נחשקות פחות ונחשבות לאצות מטרד. הם קשורים למערכות אקולוגיות לחוצות ויכולים לגרום לטעמים לא נעימים בדגים או להרוג אוכלוסיות שלמות.
ברווז
צמח חופשי צף חופשי זה בעל עלים ושורשים זעירים אחד המתנדנדים במים כדי לשאוב חומרים מזינים. כפי שצוין בשמו, ברווז הוא מקור מזון חשוב עבור עופות מים רבים.
חבצלות מים
חבצלות מים לבנות הן אתר נפוץ בנהר מיסיסיפי, ומורכבות מעלים גדולים וצפים עם מרקם עור. הם מייצרים פרחים לבנים גדולים על גבי העלים, ונטועים בבוץ שמתחתיו.
סרטנים
נקרא סרטנים או סרטנים, אלה סרטנים דומים לובסטרים קטנים. הם בעיקר מזינים בתחתית, וצורכים נטושים מבעלי חיים אחרים, גזר ובעלי חיים קטנים. שני סרטים ילידים וגם פולשניים חיים בנהר מיסיסיפי.
שפמנון
שפמנון תעלות הם מחזה נפוץ בנהר מיסיסיפי. הם הסוגים הרבים ביותר של שפמנון. דגים אלה יכולים לגדול לגדלים מפתיעים, ונדבקים בעיקר לתחתית הנהר. הם מצטיינים בנטייתם לפגוע בפיתיון מסוגים רבים ושונים, אך יש לאכול אותם לעיתים רחוקות בגלל הסכנה לזיהום של PCB (דו-כלוריד דו-פניני).
צפרדע נמר
צפרדעים מנוקדות אלה נקראות גם צפרדעי אחו. הם גרים בנהר מיסיסיפי ובסביבתו. הם משמשים לעתים קרובות כמין אינדיקטור סביבתי בגלל הרגישות שלהם למזהמים ומזהמים. הם מבלים את רוב זמנם בשולי נחלים וגופי מים אחרים, ואוכלים בעיקר חרקים, פרוקי רגליים וחסרי חוליות אחרים.
