לפעמים צריך להרוג עצים. כאשר עצים נמצאים במקומות הלא נכונים, הם עלולים לפגוע בחניונים ובבניינים ולחסום את אור השמש להגיע לגינה. עצים מסוימים פולשים בכבדות ומותרים גידול ילידי, כמו עץ השמים, הידוע גם בשם גבעול הכח בגלל ריחו הפוגע. אחרים, כמו המסטיק המתוק, מפילים פירות העלולים לפגוע במכסחת דשא. למרות שכימיקלים ומי מלח הורגים את העץ באופן יעיל, שתי השיטות יכולות לפגוע באדמה סביב העץ, כאשר תרחישים גרועים ביותר חמורים כמו חלקת אדמה בה שום דבר לא יוכל לצמוח או לשרוד שוב. מסמרים נחושת עושים את העבודה אך ללא הנזק המתמשך.
סמוך לבסיס עץ המטרה, פטיש במסמר נחושת בזווית קלה המפנה כלפי מטה. אין תקן מבחינת הגודל בבחירת ציפורני הנחושת, אך באופן כללי, ככל שהמשטח של הציפורן גדול יותר מבחינת אורך ורוחב כך הטיפול יעיל יותר. כמו כן, מסמר ארוך יותר פירושו חדירה עמוקה יותר, מה שמתרגם לסיכוי גבוה יותר לחלות בעץ.
המשך להכות מסמרים בטבעת סביב העץ, זה מזה כחצי סנטימטרים זה מזה. פעולה זו תפגע במספר מוגבר של תאי גדילה וכן תגביר את ריכוז הנחושת בעץ. ריכוז גבוה יותר זה טוב יותר מכיוון שזה יגדיל את הסיכוי להתמתחת המתכת, הרעלת את העץ. הרעיון שמסמר נחושת אחד יהרוג עץ נכון רק לעצים קטנים מאוד, כמו שתילים. עצים גדולים יותר יכולים לסבול ציפורן בודדת ללא גיליון ופשוט יגדלו לאורך הציפורן בזמן ללא תופעות לוואי.
כסו את ראשי הציפורניים בבוץ, במידת הצורך. מטרת כיסוי ציפורני הנחושת בבוץ היא להסתיר את הציפורניים. לנחושת יש נטייה להראות בצורה די ברורה בגזע העצים בגלל צביעה בהירה. חיפוי הציפורניים הופך את התהליך פחות ברור במבט מזדמן ויכול לשמר את מראה החצר כאשר העץ מתחיל למות. עם זאת, שימוש בבוץ כדי לכסות אותם לא יסתיר לחלוטין את העובדה שנעשה משהו לעץ.
לאחר שהעץ מת, הסר את הציפורניים לפני הסרת העץ. אחרת, הציפורניים עלולות לעוף החוצה ולפגוע במישהו או שהם עלולים לפגוע במכונות המשמשות להסרת העץ מכיוון שישנם מסמרים רבים.
